M&Aを検討する中小企業にとって、仲介会社やファイナンシャル・アドバイザー（FA）への報酬、デューデリジェンス（事前調査）の費用、買収後の統合（PMI）にかかる費用は、大きな負担になります。この負担を軽くするために、国が用意しているのが、「事業承継・M&A補助金」（以前の名称は「事業承継・引継ぎ補助金」）です。
この記事では、中小企業庁が公表している「令和7年度補正予算 事業承継・M&A補助金」の資料（令和8年2月時点版）をもとに、補助金の4つの枠、補助上限額と補助率、対象となる経費、申請の流れ、使うときの注意点を解説します。
なお、補助金は、公募の回ごとに、内容や期間が変わります。この記事の内容は、2026年10月時点の資料に基づいていますが、実際に申請するときは、必ず、最新の公募要領で確認してください。
事業承継・M&A補助金とは？
事業承継・M&A補助金は、事業承継や、M&Aに取り組む中小企業や、小規模事業者の、設備投資や、専門家の活用にかかる費用の一部を、国が補助する制度です。中小企業庁の「中小企業生産性革命推進事業」の一つとして、年に複数回、公募が行われています。
中小企業庁の資料では、この補助金の目的について、事業承継に際しての設備投資や、M&A・PMIの専門家活用費用などを支援することで、中小企業の生産性の向上と、持続的な賃上げに向けた取り組みを後押しするものと説明されています。
以前の「事業承継・引継ぎ補助金」との違い
以前は、「事業承継・引継ぎ補助金」という名称で、「経営革新事業」「専門家活用事業」「廃業・再チャレンジ事業」の3つに分かれていました。現在は、名称が「事業承継・M&A補助金」に変わり、枠の構成も見直されています。以前の記事や資料に書かれている、補助率や、補助上限額は、現在の制度とは異なるため、注意してください。
補助金の4つの枠
令和7年度補正予算の「事業承継・M&A補助金」には、次の4つの枠があります。
| 枠 | 対象となる人 | 補助の内容 |
|---|---|---|
| 事業承継促進枠 | 5年以内に、親族内承継や、従業員承継などを予定している方 | 承継に際しての設備投資などの費用 |
| 専門家活用枠 | 補助事業期間に、経営資源を譲り渡す、または譲り受ける方 | M&Aのときの専門家の活用費用（FA・仲介費用、表明保証保険料など） |
| PMI推進枠 | M&Aで経営資源を譲り受ける予定の、中小企業等で、PMIに取り組む方 | M&A後の経営統合（PMI）にかかる費用（専門家費用、設備投資など） |
| 廃業・再チャレンジ枠 | 事業承継やM&Aの検討・実施などに伴って、廃業などを行う方 | 廃業などに伴う費用（原状回復費、在庫の処分費、土壌汚染の調査費など） |
廃業・再チャレンジ枠は、事業承継促進枠、専門家活用枠、PMI推進枠と、併用して申請できます。
補助上限額と補助率
中小企業庁の資料に記載されている、補助上限額と、補助率は、次のとおりです。ただし、資料には、「内容は変更となる場合がありますので、必ず公募要領をご確認ください」と記載されています。
事業承継促進枠
- 補助上限額：800万円から1,000万円（一定の賃上げを実施する場合は、上限が1,000万円に引き上げられる）
- 補助率：1/2（小規模事業者に該当する場合は、2/3）
- 対象経費：設備費、産業財産権等関連経費、謝金、旅費、外注費、委託費など
専門家活用枠
専門家活用枠は、M&Aを検討する買い手と売り手の、費用を補助する枠で、類型が分かれています。
- 買い手支援類型：補助上限額は600万円から800万円（100億企業要件を満たす場合は2,000万円）。デューデリジェンスの費用を申請する場合は、200万円が加算される
- 売り手支援類型：補助上限額は600万円から800万円（デューデリジェンスの費用を申請する場合は、200万円が加算される）
- 小規模売り手支援類型：補助上限額は450万円（令和7年度補正予算で新設された、小規模事業者向けの類型）
補助率は、類型ごとに決められています。買い手支援類型は、1/3、1/2、2/3、売り手支援類型は1/2、2/3（赤字や、営業利益率の低下などの要件に該当する場合に、2/3）、小規模売り手支援類型は2/3です。対象経費は、謝金、旅費、外注費、委託費、システム利用料、保険料などです。
特に、重要な条件があります。FA費用や、仲介費用は、「M&A支援機関登録制度」に登録された、FAや仲介業者による支援に係る費用のみが、補助の対象です。登録されていない事業者に、報酬を支払っても、補助の対象にはなりません。契約の前に、依頼先が、登録制度に登録されているかを、確認してください。
PMI推進枠
- PMI専門家活用類型：補助上限額は150万円、補助率は1/2
- 事業統合投資類型：補助上限額は800万円から1,000万円（一定の賃上げを実施する場合は、1,000万円）、補助率は1/2（小規模事業者は2/3）
廃業・再チャレンジ枠
- 補助上限額：300万円（他の枠と併用して申請する場合は、それぞれの補助上限額に加算される）
- 補助率：1/2（小規模事業者は2/3）。他の枠と併用する場合は、各事業の補助率に従う
- 対象経費：廃業支援費、在庫廃棄費、解体費、原状回復費、土壌汚染調査費、リースの解約費など
活用のイメージ（想定例）
補助金の仕組みを分かりやすくするために、数字を使った想定例を示します。これは、制度の理解のための試算で、実際の補助額を保証するものではありません。補助率や、補助上限額は、公募の回や、類型ごとに異なります。
想定例：小規模な会社が、仲介会社を使って、会社を売却する場合
後継者がいない、小規模な会社の経営者が、M&A支援機関登録制度に登録された仲介会社を通じて、会社を売却するケースを考えます。仲介会社への報酬などの、補助対象となる経費が、600万円だったとします。小規模売り手支援類型で、補助率2/3が適用されるとすれば、補助金額は、600万円×2/3＝400万円となり、補助上限額の450万円以内に収まります。
注意：補助金は、後払い
補助金は、先に事業を行い、費用を支払ったあとで、実績の報告をして、検査を受けたうえで、支払われる「後払い」です。そのため、一時的には、全額を、自己資金や融資で用意しておく必要があります。また、中小企業庁の資料には、交付が決定された場合でも、実績報告後の検査と、経費の確認により、補助金の額が確定されるため、支払われないことがあるため、留意すること、と記載されています。
申請から補助金の受け取りまでの流れ
中小企業庁の資料に示されている、事前準備から事業終了までの流れは、次のとおりです。
事前準備
経営課題を把握し、事業計画を検討します。専門家活用枠を使う場合は、M&A支援機関登録制度に登録された、FAや仲介業者を、選んでおきます。
公募の開始と、申請
公募要領が公開され、申請の受付が始まります。申請は、電子申請システムなどで、行います。事業計画や、必要な書類を、期限までに提出します。
審査と、採択
申請の内容が審査され、採択された場合に、交付の申請に進みます。
交付決定と、補助事業の実施
交付が決定したあとに、補助事業を開始します。資料では、補助事業の期間内に契約や発注を行い、支払った経費が、補助の対象となるとされています。交付決定の前に、契約や発注をした費用は、原則として、対象にならないため、注意してください。
実績報告と、補助金の受け取り
補助事業が完了したら、実績報告を提出します。検査を受けて、補助額が確定したあとに、補助金を請求し、受け取ります。
事業化状況の報告
補助金を受け取ったあとも、事業計画の期間（3年から5年間）にわたり、事業化の状況を、報告する必要があります。
使うときの注意点
公募の回ごとに、条件が違う
補助金は、年に複数回、公募が行われます。補助上限額、補助率、対象となる経費、申請の期間は、公募の回によって、異なることがあります。過去の記事や、他の会社の事例を参考にするだけでなく、最新の公募要領を、必ず確認してください。
契約や、発注のタイミング
補助対象になるのは、原則として、交付決定後に、契約や発注を行い、補助事業期間内に支払った経費です。M&Aの手続きと、補助金のスケジュールが合わないと、補助を受けられないことがあります。M&Aの検討の早い段階で、補助金の活用を、専門家に相談して、スケジュールを組むことが大切です。
採択されるとは限らない
補助金は、審査があり、申請したすべての案件が、採択されるわけではありません。補助金が、受けられることを前提に、資金計画を立てるのは、避けてください。
登録機関の確認
FA費用や、仲介費用を補助の対象にするには、登録されたFA・仲介業者との契約が必要です。契約の前に、登録の有無と、登録の有効期間を、M&A支援機関登録制度のホームページで、確認してください。
問い合わせ先
応募の方法などの、詳細は、事務局に問い合わせることができます。中小企業庁の資料には、専門家活用枠と、廃業・再チャレンジ枠は050-3145-3812、事業承継促進枠は050-3192-6274、PMI推進枠は050-3192-6228が、記載されています（令和8年2月時点）。最新の連絡先は、公式サイトで確認してください。
よくある質問
Q1. 買い手と売り手の、どちらも、申請できますか？
専門家活用枠は、補助事業期間に、経営資源を譲り渡す売り手と、譲り受ける買い手の、双方が対象です。買い手支援類型と、売り手支援類型に分かれており、それぞれ、補助上限額や、補助率が異なります。
Q2. 親族内の承継でも、使えますか？
事業承継促進枠は、5年以内に、親族内承継や、従業員承継などを予定している方が、対象です。承継に際しての設備投資などの費用が、補助の対象になります。
Q3. M&Aが成立しなかった場合は、どうなりますか？
過去の公募では、M&Aが成立しなかった場合に、補助上限額が下がる扱いがありました。最新の公募回の扱いは、公募要領で、確認してください。
Q4. 税理士や、公認会計士に支払う費用も、補助の対象になりますか？
対象となる経費は、枠ごとに決められています。専門家活用枠では、謝金、外注費、委託費などが、対象経費として示されていますが、どの費用が対象になるかは、公募要領で、定められています。契約の前に、対象になるかを、事務局や、専門家に確認してください。
Q5. 過去の公募の事例は、参考になりますか？
過去の採択事例は、補助金の活用のイメージをつかむうえでは、役に立ちますが、制度の内容は、年度によって変わっています。事例にある補助率や、補助上限額を、現在の制度に当てはめることは、避けてください。
申請の前に準備しておきたい書類と情報
申請では、会社の状況や、事業計画を示す書類が、必要になります。公募の回によって、必要な書類は異なりますが、一般的には、次のような資料を、準備しておくと、スムーズです。
- 直近の決算書や、確定申告書の写し
- M&Aの相手先や、スケジュールが分かる資料（基本合意書、仲介契約書、FA契約書など）
- 事業計画書（M&Aの目的、期待される効果、統合後の計画など）
- 補助対象となる経費の、見積書や契約書
- 賃上げを行う場合は、賃上げの計画に関する資料
電子申請では、事前に、アカウントの取得が必要になる場合があります。準備には時間がかかるため、公募が始まる前から、準備を進めておくことをおすすめします。税理士や、中小企業診断士などの専門家に、事業計画書の作成を、相談することも、有効です。
M&Aの費用を、補助金以外にも抑える方法
補助金のほかにも、M&Aの負担を軽くする方法があります。
- 税制の活用：中小企業事業再編投資損失準備金や、中小企業経営強化税制など、経営力向上計画の認定を受けて使える税制があります
- 登録免許税や不動産取得税の軽減：事業譲渡や合併などで、一定の要件を満たす場合に、使える軽減措置があります
- 複数のアドバイザーの比較：手数料の算定の基準や、最低手数料を、比べて、依頼先を選びます
補助金と、税制の優遇を、組み合わせて使うことで、M&Aの全体の負担を、軽くできる場合があります。
M&Aと事業承継のお悩みはストラーダグループへ
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※本記事は、2026年10月時点の情報をもとに作成しています。補助金の内容は、公募の回ごとに変更されることがあるため、申請の前に、中小企業庁や、事業承継・M&A補助金の公式サイトの、最新の公募要領をご確認ください。
