税務調査はいつ来る？時期・確率・前兆を総まとめ【2026年】

事業を続けていると、「税務調査はいつ来るのだろう」「自分の会社も対象になるのだろうか」と気になることがあるかもしれません。とくに近年は、インボイス制度の開始や電子帳簿保存法への対応など、税務まわりのルールが大きく変化しているため、自社の対応体制が十分かどうか、不安を感じやすい状況です。

ただ、税務調査は“特別な会社だけに行われるもの”ではなく、申告内容の適正性を確認するための制度の一つです。仕組みを正しく理解し、あらかじめ備えておけば、必要以上に不安にならずに向き合えます。

本記事では、2026年時点の一般的な実務傾向をふまえながら、税務調査が来る時期、実施の確率や前兆、そしておすすめの事前対策をわかりやすく解説します。

税務調査とは？

税務調査とは、申告された内容が税法に沿って適切に処理されているかを確認するために行う公的な手続きです。法人税や所得税、消費税、源泉所得税など、事業に関係する税目が対象になります。

「税務調査＝不正の疑い」と受け止めてしまうかもしれませんが、実際は申告漏れや計算ミスなどを確認する目的で行われるケースも少なくありません。税金を公平に負担してもらうために、申告内容を点検する仕組みだと理解するとイメージしやすいでしょう。

一般的に多いのは、事前に税務署から連絡が入り、日程を調整したうえで行われる「任意調査」です。飲食業などの現金商売の場合には連絡がない場合もあります。当日は帳簿や請求書、領収書、契約書などをもとに、取引の背景や数字の根拠が確認されます。時には踏み込んだ説明を求められる場面もありますが、日頃から記録や書類を整理していれば、落ち着いて対応することが可能です。

調査は通常、直近3年分程度を対象として行われます。ただし、状況によってはそれ以前の年度まで確認が及ぶこともあるため、一定期間にわたる資料管理が重要となります。

これに対し、ニュースなどで報じられる「強制調査」は、裁判所の令状に基づいて行われる特別な手続きです。予告無しで、帳簿や証拠物の差押えが伴う点が大きな特徴です。

重大な脱税が疑われる場合に限られるため、多くの中小企業や個人事業主が想定すべきなのは、こうした強制調査ではなく、事前連絡のうえで行われる任意調査といえます。

税務調査はいつ来る？実施されやすい時期について

確定申告後

確定申告が終了すると、4月から5月頃にかけて、提出された申告書の内容が税務署内で分析・確認される時期に入ります。

この期間に直ちに実地調査が行われるとは限りませんが、申告内容に明らかな誤りや不自然な点が見られる場合には、税務署から行政指導としての「お尋ね」と呼ばれる照会文書が届くことがあります。「お尋ね」に対応しなかったり、回答に疑問がある場合には、実地調査に切り替わる場合があります。

7月～11月（税務署や国税局の人事異動後）

税務調査の動きは、7月から11月頃が最も活発になる傾向があります。これは、国税当局の人事サイクルが影響していると考えられています。税務署では例年7月に人事異動が行われ、新体制のもとで調査計画が本格的に始動します。

8月以降は対象先の選定が進み、事前通知の連絡が入り始めます。9月から11月は年末の繁忙期前にあたることから、実地調査が行われやすい時期とされています。

一方、12月以降は年内案件の整理や確定申告業務への対応が優先されるため、比較的控えめな時期となります。

税務調査が来る確率はどのくらい？

法人の場合

法人に対する税務調査の実施確率は、年間で1.9％程度がひとつの目安です。ただし、これはあくまで平均値であり、実際の調査頻度は法人の規模や申告内容によって異なります。

売上規模が大きい法人、事業が拡大している法人、消費税の還付申告を行っている法人、海外取引がある法人などは、確認対象として選定されやすい傾向があります。一方で、設立間もない小規模法人であっても、申告内容に大きな変動がある場合には調査対象となることがあります。

個人事業主の場合

個人事業主に対する実地調査件数は、年間でおよそ5万件前後とされています。それに対し、所得税の確定申告件数は数千万件規模にのぼります。

単純に割合で見ると、実地調査を受ける確率は年間で0.7％程度が目安となります。1年間という単位で見れば、対象となるケースはそれほど多くはありません。

ただし、ここでも注意したいのは、確率は一律ではないという点です。売上規模が比較的大きい場合や、経費率が同業と比べて著しく高い場合など、申告内容の数字が目立つと確認対象となる可能性があります。

税務調査に前兆はある？注意したい7つの危険信号

税務署からの書類照会がある

実地調査に先立ち、特定の取引や申告内容について書面で確認が行われることがあります。いわゆる「お尋ね」と呼ばれるもので、売上の計上時期、経費の内容、消費税の処理方法などについて説明を求められるものです。

この段階で事実関係を整理し、帳簿や証憑との整合性を示せれば、実地調査に至らないケースもあります。一方で、無視をしたり、回答が曖昧であったり、資料との整合が取れなかったりすると、より詳細な確認へ進む可能性があります。

売上・利益の急変動

売上や利益が大きく増減している場合、確認対象として注目されることがあります。ただし、事業拡大や取引先の増減など合理的な背景があれば、それ自体が問題となるわけではありません。

重要なのは、変動の理由を客観的に説明できる状態にあるかどうかです。日頃から取引の経緯や契約内容を記録し、数字の裏付けとなる資料を揃えておくことが、調査時の適切な対応につながります。

生活スタイルと申告所得の不一致

税務署は、申告書の数字だけでなく、さまざまな情報を踏まえて総合的に判断を行います。そのひとつが、申告所得と生活水準のバランスです。

たとえば、申告上の所得が低い水準にとどまっているにもかかわらず、高額な不動産や高級車の購入が続いているようなケースでは、資金の出どころについて確認が行われることがあります。

とくに個人事業主は、事業用資金と生活資金が混在しやすいため注意が必要です。事業用口座と個人口座を分け、資金移動の理由を記録するなど、区分管理を徹底することが欠かせません。

不自然な経費の増加

経費が増えること自体は、事業拡大や人員増加、広告投資などに伴って生じるものであり、直ちに問題となるわけではありません。しかし、売上の伸びに比べて経費が急増している場合や、特定の勘定科目だけが大きく膨らんでいる場合には、内容の確認が行われる可能性が高まります。

なかでも交際費、会議費、旅費交通費、外注費などは取引の背景が見えにくいこともあり、確認対象となりやすい科目です。事業上必要な支出であっても、領収書や請求書が不足している、支出目的が明確でないといった状態では、追加の説明を求められることがあります。

高額な設備投資（消費税還付）

多額の設備投資を行い、消費税の還付申告をした場合には、税務署による内容の精査が行われるケースが多く見られます。還付は税務署から直接資金が返還される手続きであるため、通常の申告と比べて慎重な確認が行われる傾向にあります。

具体的には、取得した資産が実際に事業に使用されているか、資産計上の時期が適切か、契約書や請求書などの資料に不備がないかといった点が確認されます。

現金取引が多い

飲食業や小売業、美容業など、現金取引が中心となる業種では、取引記録が残りにくく、売上計上漏れや管理上の不備が生じやすいと指摘されています。そのため、税務署の視点では、確認の必要性が高い分野として扱われることがあります。

現金売上は、銀行へ入金するまでの過程で差異が生じる可能性があることから、売上管理表、レジデータ、入金記録を相互に照合できる仕組みを確立することが大切です。帳簿上の数字の根拠が明確であれば、調査時の説明も円滑に進めることができます。

複雑な節税策の実施

節税そのものは違法ではなく、制度を正しく理解し活用することは、経営上の適切な判断の一つです。ただし、内容が複雑であったり、一般的な取引形態から大きく外れていたりする節税策を採用している場合には、税務署による事実関係の確認が行われやすくなります。

代表的なものとしては、業務実態が乏しい会社との取引、親族間における役員報酬や外注費が市場水準とかけ離れているケース、形式上は売買や貸付として処理していても実質が伴っていない取引などが挙げられます。

税務調査に向けたおすすめの対策

税理士に相談する

税務調査への備えとして有効なのは、専門家と継続的に連携できる体制を構築しておくことです。税理士は、日々の帳簿処理や申告内容の確認に加え、数字の変動や処理方法にリスクがないかを事前に検証する役割を担います。

万が一、税務署から連絡があった場合でも、税理士が窓口となることで、事実関係の整理や資料準備を冷静に進めることが可能となります。

確定申告をミスなく行う

税務調査は、申告内容の確認から始まるのが一般的です。計算ミスや数字の不整合があると、そこから確認の範囲が広がる可能性があります。売上の計上漏れがないか、経費区分は適切か、消費税の処理に誤りはないかなど、申告前に十分な点検を行うことが不可欠です。

とくに事業規模が拡大している場合や、新たな取引形態が増えている場合には、従来の処理方法が現在の実態に即しているかをあらためて検証する必要があります。

不正行為をしない

当然のことながら、意図的な売上除外や架空経費の計上といった不正行為は重大なリスクを伴います。加算税や延滞税などの金銭的負担にとどまらず、対外的な信用の低下にも直結します。

一時的に税負担を軽減する判断が、結果として長期的な経営リスクを拡大させることもあります。税金は経営上のコストの一部ではありますが、適正な申告と法令に沿った納付を徹底する姿勢こそが、事業の安定性と継続性を支える土台となります。

必要書類を不足なく揃えておく

税務調査では、帳簿そのものだけでなく、その裏付けとなる証憑資料の提示が前提となります。帳簿の数字と請求書・領収書・契約書・通帳記録などの内容が整合している状態を維持することが基本です。

また、電子帳簿保存法への対応を踏まえ、保存形式や検索機能を適切に整備しておくことも欠かせません。書類の保管は単なる事務処理ではなく、「税務調査に備え、数字の根拠をいつでも示せる体制を整えること」と位置づけることで、その意義はより明確になります。

税務調査で確認されやすい主な資料

税務調査は恐れるものではない。鍵を握るのは日々の管理体制

税務調査は、一部の企業だけに向けられる特別な措置ではなく、申告内容の適正性を確認するための公的な制度です。

事業を継続していれば、規模の大小にかかわらず対象となる可能性はありますが、それ自体を過度に警戒する必要はありません。日々の管理体制を整え、数字の透明性を確保しておくことが、企業の信用と経営の安定性を支える基盤となります。

ストラーダグループでは、帳簿確認や申告内容のチェックにとどまらず、将来の税務調査も見据えた管理体制の整備を支援しています。取引の実態、証憑の整理状況、資金の流れまでを専門家の視点で検証し、潜在的な課題を早期に把握・是正することで、調査時にも落ち着いて対応できる体制を構築します。

税務にわずかでも不安を感じた際には、まずは現在の処理方法や管理状況を整理することから始めてみてはいかがでしょうか。些細な疑問や現状のヒアリングだけでも構いませんので、お気軽にご相談ください。