税務調査が来たときの税理士の役割とメリットを解説

税務署から、税務調査の連絡が来ると、多くの方が、不安を感じます。「何を準備すればよいのか」「税理士に頼むべきなのか」「調査官にどう対応すればよいのか」と、戸惑うのは、自然なことです。

この記事では、国税庁の公表資料をもとに、税務調査の基本的な流れと、税理士が果たす役割・依頼するメリットを、解説します。税理士に依頼している場合に、通知や説明が、どのように行われるのか、書面添付制度の効果、調査の前後で、気をつけたい点も、あわせて整理します。

なお、税制や運用は、改正されることがあります。この記事は、2026年10月時点の公表情報をもとにしています。実際の対応は、最新の情報を確認し、税理士にご相談ください。

税務調査とは

税務調査とは、税務署などが、納税者の申告内容が、適正かどうかを、確認するために行う調査です。法人税、所得税、消費税、相続税など、さまざまな税目で、行われます。

調査には、納税者の事務所や自宅などを訪問して、帳簿や書類を確認する「実地の調査」と、電話や書面などで、確認を行う調査があります。調査は、納税者に対して、不利益を与えることを、目的とするものではありません。しかし、誤りが見つかった場合は、修正申告などが必要になります。

税務調査の基本的な流れ

1. 事前通知

国税庁の案内によると、税務調査に際しては、原則として、納税者に対し、調査の開始日時、開始場所、調査の対象税目、調査の対象期間などを、事前に通知します。税理士が、税務代理権限証書を提出している場合は、税理士にも通知されます。

ただし、事前に通知すると、正確な事実の把握が、困難になるおそれがある場合などは、事前通知を行わずに、調査が行われることもあります。

通知された日時に、都合が悪い場合は、変更を、協議できます。国税庁のFAQでは、一時的な入院や、親族の葬儀、業務上やむを得ない事情などが、例として、示されています。早めに、申し出てください。

2. 調査の実施

調査では、調査官が、帳簿や、請求書、領収書、契約書などの書類を確認し、取引の内容などを質問します。納税者は、質問に、答える義務があり、書類の提示を、求められることがあります。

調査は、通知された期間内で、終わるとは限りません。調査の過程で、追加の資料の提出を、求められることがあります。

3. 調査結果の説明と、終了

調査の結果は、次のように、扱われます。

修正申告と更正の違い

調査で、誤りが指摘された場合の、対応は、次のとおりです。国税庁のFAQによると、修正申告の勧奨に応じるかどうかは、納税者の任意の判断です。勧奨に応じなかったからといって、応じた場合と比べて、不利な扱いを受けることは、基本的にはない、とされています。

修正申告の勧奨に応じない場合は、調査結果に基づき、税務署長が、更正または決定の処分を行い、通知書が送られます。この場合は、不服申立てで、争うことになります。

加算税に注意する

調査の前に、自主的に修正申告をすれば、過少申告加算税は、課されないとされています。一方、調査の通知があった後に、提出された修正申告には、原則として、加算税が課される場合があります。修正申告を行うタイミングによって、負担が変わるため、早めに、税理士に相談してください。

税務調査における税理士の役割

税理士法第2条によると、税理士は、他人の求めに応じて、税務代理、税務書類の作成、税務相談を、業として行います。税務調査では、次のような役割を、担います。

1. 調査前の準備を、サポートする

調査の通知を受けたら、帳簿や、書類を、整理し、調査官の質問に、答えられるように、準備します。税理士は、申告書の内容を把握しているため、どの取引が、確認されやすいかを、見通したうえで、準備を進められます。

2. 調査に立ち会い、納税者に代わって、対応する

税理士は、税務代理人として、調査に立ち会い、納税者を代理して、調査官との、やり取りを行えます。納税者の事業の内容や、取引の実態を、調査官に、的確に説明することで、調査をスムーズに進めやすくなります。

3. 通知や、調査結果の説明を、受ける

国税庁のFAQによると、税務代理権限証書に、「事前通知に関する同意」を記載している場合は、調査の通知は、税理士に行われます。また、令和6年4月1日以後は、税務代理権限証書に、「調査の終了の際の手続に関する同意」欄が設けられており、同意が記載されていれば、調査結果の説明や、修正申告の勧奨は、税理士に対して行われます。

税務調査の連絡が、納税者ではなく、税理士へ入るため、本業に集中しやすくなります。

4. 修正申告の要否を、判断する

調査官から、誤りを指摘された場合、その内容が、法令に照らして適切かどうかを、確認します。指摘が妥当であれば、修正申告の手続きを、サポートします。納得できない場合は、更正の請求や、不服申立てなど、取り得る手段を、検討します。

5. 不服申立てや、訴訟の場面で、サポートする

調査の結果に、納得できない場合は、不服申立てなどの手続きがあります。税理士は、不服申立ての代理を、行えます。一方、裁判（税務訴訟）の代理人になれるのは、弁護士です。税理士法第2条の2により、税理士は、租税に関する事項について、裁判所に、補佐人として、弁護士である訴訟代理人とともに出頭し、陳述することができます。訴訟を検討する場合は、弁護士と連携して、対応します。

書面添付制度の効果

税理士が申告書を作成する際に、税理士法第33条の2の書面（計算事項等記載書面）を、申告書に添付した場合には、税務調査の通知の前に、税理士が意見を述べる機会が、与えられます（税理士法第35条）。

国税庁のQ&Aによると、書面添付制度の趣旨と効果は、次のとおりです。

• 書面は、申告書が、税務の専門家の立場から、どのように作成されたかを、明らかにするものである
• 調査の通知前の意見聴取の段階で、疑問点が解消し、調査の必要性がないと認められた場合には、納税者の事務所などに臨場して行う帳簿書類の調査に、至らないこともあり得る
• 書面の記載事項は、申告審理や、調査の要否の判断で、活用される

ただし、書面添付は、調査の省略を前提とした制度ではありません。意見聴取の結果、調査が必要と判断されることもあります。書面添付制度を利用できるかどうかは、依頼する税理士に、確認してください。

調査当日の、一般的な流れ

実地の調査の場合、当日は、次のような流れで、進むのが、一般的です。

• 調査官が、訪問し、身分証明書を提示する
• 会社の概要や、事業の内容について、質問を受ける
• 帳簿や、書類を、確認する（売上、仕入、経費、預金の動きなど）
• 必要に応じて、事務所や、倉庫などを、確認する
• 調査の日程が、終わったら、今後の予定について、説明を受ける

調査は、1日で終わる場合も、複数日にわたる場合も、あります。調査の期間は、事業の規模や、確認する内容によって、異なります。

調査で、気をつけたい、対応のポイント

調査に対応するときは、次の点に、気をつけましょう。

• 質問には、事実を、そのまま、答える（わからない点は、推測で答えず、確認してから回答すると伝える）
• 書類を、求められたら、内容を確認して、必要な範囲で、提示する
• 調査官の指摘が、理解できない場合は、その場で、判断せず、税理士に相談する
• 修正申告の勧奨を受けても、その場で、署名・押印を急がず、内容を、確認する
• やり取りの内容は、メモに残しておく

調査官の説明を、よく聞き、不明な点は、税理士と相談したうえで、結論を出すことが、大切です。

調査の終了後に、やっておきたいこと

調査が、終わった後は、指摘された内容を、振り返り、同じ誤りを、繰り返さないようにしましょう。

• 指摘された点を、整理し、経理の方法を、見直す
• 修正申告をした場合は、納付の期限と、金額を、確認する
• 加算税や、延滞税が、課される場合は、その内容を、確認する
• 顧問税理士と、今後の、帳簿の作成や、書類の保管の方法を、話し合う

調査の経験を、日頃の経理の改善に、生かすことで、将来の調査にも、備えられます。

税務調査の前に、準備しておくこと

税務調査に備えて、日頃から、次の点を、意識しておくと、安心です。

• 帳簿や、請求書、領収書、契約書などを、整理して、保管する
• 取引の内容を、説明できるように、記録を残す（特に、金額が大きい取引や、通常と異なる取引）
• 会社と、経営者個人の、お金を、区分する
• 売上の計上の時期や、経費の計上の根拠を、確認しておく
• 顧問税理士と、定期的に、申告内容を、確認する

帳簿書類は、法律で、一定の期間、保存することが、義務付けられています。保存期間は、書類の種類や、法人か個人かによって異なります。国税庁のホームページなどで、確認してください。

税務調査が入る、主な理由

税務調査の対象は、さまざまな情報をもとに、選ばれるとされています。次のような場合に、調査の対象になりやすいと、いわれています。

• 売上や、利益が、同業他社と比べて、大きく異なる
• 前年と比べて、売上や経費が、大きく変動している
• 取引先への調査などで、申告漏れの疑いが、見つかった
• 税務署が、把握している情報（支払調書、法定調書など）と、申告の内容が、一致しない
• 過去の調査で、指摘を受けたことがある

ただし、調査の対象に、選ばれる基準は、公表されていません。調査が入ったからといって、必ずしも、不正があるとは、限りません。落ち着いて、対応してください。

税理士に依頼するときの、ポイント

税務調査への対応を、税理士に依頼するときは、次の点を確認しましょう。

• 税務調査への、立ち会いが、契約に含まれているか（別途費用がかかるかどうか）
• 税務代理権限証書の提出が、可能か（事前通知や、調査終了時の手続の同意を含む）
• 書面添付制度に、対応しているか
• 調査の対応の、実績や、経験があるか
• 連絡の取りやすさ（調査の通知を受けたとき、すぐに相談できるか）

調査の通知を受けてから、税理士を探す場合でも、依頼を受けてもらえることがあります。ただし、日程の都合などで、断られる場合もあるため、早めに連絡してください。

よくある質問

Q1. 税務調査は、必ず、事前に通知されますか？

原則として、事前通知が、行われます。ただし、事前に知らせると、正確な事実の把握が、困難になるおそれがある場合などは、事前通知をせずに、調査が行われることもあります。

Q2. 通知された日に、都合が悪い場合は、どうすればよいですか？

一時的な入院や、親族の葬儀、業務上やむを得ない事情などがある場合は、申し出ることで、日時の変更を、協議できます。早めに、連絡してください。

Q3. 税理士に、立ち会ってもらうと、調査は、有利になりますか？

税理士が立ち会うことで、取引の内容を、的確に説明でき、手続きも、スムーズに進みやすくなります。ただし、調査の結果は、事実と、法令に基づいて、決まります。有利に、なるとは、限りません。

Q4. 修正申告を、断ることは、できますか？

修正申告の勧奨に応じるかどうかは、納税者の任意です。ただし、応じない場合は、税務署長が、更正の処分を行う場合があります。指摘の内容を、税理士に確認したうえで、判断してください。

Q5. 税務調査の結果に、納得できない場合は、どうすればよいですか？

更正の請求や、不服申立てなど、取り得る手段が、あります。内容や、期限が、手続きごとに異なるため、早めに、税理士に相談してください。

税務調査のご相談はストラーダグループへ

ストラーダグループでは、税務調査の対応や、税務調査に備えた、申告内容の確認を、税理士が、お受けしています。調査の通知を受けた後のご相談も、可能です。初回のご相談は無料です。お気軽にご相談ください。

※本記事は、2026年10月時点の情報をもとに作成しています。税制や運用は変更されることがあるため、手続きの前に、国税庁などの公式情報をご確認ください。