個人事業主の消費税とインボイス・確定申告代行【税理士無料相談】

個人事業主として順調に売上が伸びてくると、「売上が1,000万円を超えたら消費税はどうなるのか」「インボイスの登録はした方がよいのか」といった疑問が出てきます。さらに、自分で帳簿をつけて確定申告をしていると、売上や経費の数字が合わなくなり、申告の時期に整理が追いつかなくなることもあります。

消費税の納税が始まる時期や、簡易課税制度を選ぶための届出の期限は、法律で決まっています。期限を過ぎると、有利な方法を選べなくなることがあるため、早めの確認が大切です。

この記事では、個人事業主が消費税の課税事業者になるタイミング、簡易課税制度の選び方と届出の期限、インボイス登録の考え方、確定申告を税理士に依頼するときのポイント、法人化を考える目安を解説します。

個人事業主が消費税の課税事業者になるタイミング

個人事業主の消費税の納税義務は、その年の売上ではなく、2年前の売上で判定します。

2年前の課税売上高が1,000万円を超えると課税事業者になる

個人事業主の場合、その年の2年前を「基準期間」といい、基準期間の課税売上高が1,000万円を超えると、その年は消費税の課税事業者になります。たとえば、2025年の課税売上高が1,000万円を超えた場合は、2027年から消費税の申告と納税が必要になります。基準期間に免税事業者だった場合は、売上高から消費税分を差し引かずに判定する点に注意が必要です。

前の年の前半の売上でも課税事業者になることがある

基準期間の課税売上高が1,000万円以下でも、前の年の1月から6月までの期間（特定期間）の課税売上高が1,000万円を超え、かつ、その期間に支払った給与の額も1,000万円を超える場合は、課税事業者になります。従業員を多く雇っている事業者は、こちらの判定も確認しておきましょう。

課税事業者になるときは届出が必要

基準期間の課税売上高が1,000万円を超えて課税事業者になる場合は、「消費税課税事業者届出書」を速やかに税務署に提出します。課税事業者になる年に向けて、売上と経費を消費税の区分ごとに記録できるように、会計ソフトの設定も見直しておきましょう。

簡易課税制度とは？選び方と届出の期限

消費税の納税額の計算方法には、原則課税と簡易課税の2つがあります。どちらを選ぶかによって、納税額や事務の手間が変わります。このほか、インボイスの登録によって課税事業者になった方は、後で説明する特例を使えることもあります。

業種ごとのみなし仕入率

簡易課税では、業種ごとにみなし仕入率が決められています。たとえば、カウンセリングやコンサルティングなどのサービス業は第5種事業にあたり、みなし仕入率は50%です。実際の仕入れや経費が少ない業種ほど、簡易課税を選んだほうが納税額が少なくなる傾向があります。ただし、大きな設備投資を予定している年は、原則課税のほうが有利になることもあります。両方の方法で納税額を試算してから選ぶことが大切です。

原則課税と簡易課税の比較の仮の例

次の数字は説明のための仮の例です。コンサルティング業（第5種事業）を営む個人事業主で、1年間の売上にかかる消費税が100万円、実際に支払った経費にかかる消費税が20万円だったとします。

原則課税では、100万円から20万円を差し引いた80万円が納税額になります。簡易課税では、売上の消費税100万円にみなし仕入率50%をかけた50万円を差し引くため、納税額は50万円になります。この例では簡易課税のほうが30万円少なくなりますが、経費の消費税が50万円を超えるような年は、原則課税のほうが有利になります。なお、実際の計算では国税と地方消費税を分けて計算するため、ここでは考え方を示すために簡単にしています。

簡易課税を選ぶには事前の届出が必要

簡易課税制度を使えるのは、基準期間の課税売上高が5,000万円以下の事業者です。簡易課税を選ぶには、適用を受けたい年の前の年の12月31日までに「消費税簡易課税制度選択届出書」を税務署に提出する必要があります。たとえば、2027年から簡易課税を使いたい場合は、2026年12月31日までに届出が必要です。一度選ぶと、原則として2年間は簡易課税を続けなければならず、その間に大きな設備投資をしても原則課税に戻せない点にも注意しましょう。

インボイス登録の考え方

インボイス制度では、取引先が仕入れの消費税を差し引くために、売り手が発行するインボイス（適格請求書）が必要になります。インボイスを発行するには、税務署に登録申請をして登録事業者になる必要があります。

取引先が誰かで必要性が変わる

個人の顧客を中心にサービスを提供している場合は、顧客がインボイスを必要としないことが多く、登録の必要性は低くなります。一方、企業から仕事を受けている場合は、取引先からインボイスの発行を求められることがあります。取引先の構成を確認して判断しましょう。

なお、取引先が免税事業者から仕入れをした場合でも、経過措置により、一定の割合で仕入れの消費税を差し引くことができます。この割合は、2026年10月1日から2028年9月30日までは70%とされ、その後は段階的に引き下げられる予定です。取引先の負担がすぐにゼロになるわけではありませんが、将来の取引条件の見直しにつながることもあるため、取引先との話し合いも含めて検討しましょう。

課税事業者になる年は登録の負担が小さくなる

免税事業者がインボイスの登録をすると、売上が1,000万円以下でも消費税の申告が必要になります。一方、基準期間の課税売上高が1,000万円を超えて課税事業者になる年は、登録をしてもしなくても消費税の申告が必要です。そのため、課税事業者になるタイミングは、インボイスの登録を検討しやすい時期といえます。なお、登録をしている事業者は、売上が1,000万円を下回った年も、登録を取り消さない限り消費税の申告が必要です。

インボイス登録をした小規模事業者の負担軽減措置

免税事業者がインボイスの登録をして課税事業者になった場合は、納税額の負担を軽くする特例を使えることがあります。2026年度（令和8年度）の税制改正で内容が変わっているため、最新の扱いを確認しておきましょう。

どちらの特例も、インボイスの登録がなければ免税事業者だった事業者が対象で、基準期間の課税売上高が1,000万円を超える年などは使えません。事前の届出は不要で、確定申告書で適用を選びます。3割特例は個人事業主だけが対象で、法人は使えません。

2割特例が終わる2027年分からは、3割特例と簡易課税のどちらが有利かを比べる必要があります。たとえば、みなし仕入率が50%の第5種事業では、簡易課税の納税額は売上の消費税の5割になるため、3割特例のほうが納税額は少なくなります。一方、みなし仕入率が80%や90%の業種では、簡易課税のほうが有利になることがあります。

消費税の申告期限と中間申告

個人事業主の消費税の確定申告と納税の期限は、翌年の3月31日です。所得税の確定申告の期限（原則3月15日）とは異なるため注意しましょう。また、前の年の消費税の納税額（国税分）が48万円を超えると、翌年の途中で中間申告と納税が必要になります。消費税は売上と一緒に受け取ったお金を後から納める税金のため、売上の入金のたびに消費税分を別の口座に分けておくなど、納税資金を確保する工夫をしておくと安心です。

課税事業者になる前後の準備チェックリスト

消費税の申告が始まる年に向けて、次の点を確認しておきましょう。

• 2年前と前の年の1月から6月までの課税売上高を確認し、課税事業者になる年を把握している
• 必要な届出書（課税事業者届出書、簡易課税制度選択届出書など）の提出期限を確認している
• 見積書や請求書の金額を、税込か税抜かはっきり表示している
• インボイスの登録をした場合は、請求書に登録番号や税率ごとの消費税額などの必要な事項を記載している
• 会計ソフトで、売上と経費を税率ごとに区分して記録できるように設定している
• 消費税の納税に備えて、資金を別に確保している

確定申告を税理士に依頼するときのポイント

自分で帳簿をつけて確定申告をしていると、会計ソフトの使い方や仕訳の判断に時間がかかり、本業の時間が削られることがあります。

帳簿の整合性を確認する

会計ソフトを途中で変えたり、複数のソフトを使い分けたりしていると、売掛金の残高がマイナスになるなど、数字の整合性が取れなくなることがあります。売掛金や預金の残高が、実際の金額と一致しているかを確認し、合わない場合は原因を調べて修正する必要があります。整合性が取れていない帳簿のまま申告すると、青色申告の控除や消費税の計算にも影響します。

年1回の申告依頼と月次の顧問契約の違い

取引の量が少ない個人事業主であれば、年に1回、決算と確定申告だけを税理士に依頼する方法があります。領収書や売上のデータをまとめて渡し、申告書を作成してもらう形です。一方、毎月の帳簿の確認や、期中の税務相談、納税額の予測まで任せたい場合は、税務顧問契約が向いています。消費税の申告が始まる年は、申告の内容が複雑になるため、どこまで依頼するかを見直すよい機会です。

依頼するときに準備する資料

確定申告を依頼するときは、売上の記録（決済サービスの売上データなど）、経費の領収書、通帳の写し、前の年の決算書や申告書の控えなどを準備します。消費税の申告が必要な年は、受け取ったインボイスや、経費の支払いの内訳がわかる資料もあわせて準備します。依頼先によって必要な資料が異なるため、見積もりの段階で確認しておきましょう。確定申告の期限の直前は税理士事務所も混み合うため、年明けすぐに資料を渡せるよう、前の年の12月から準備を始めておくと、内容を確認する時間を十分に取れます。

法人化を検討する目安

売上が増えてくると、法人化を検討する方も増えます。法人化すると、事業の利益に法人税がかかり、経営者には役員報酬として給与を支払う形になります。給与所得控除を使えることや、所得を分散できることがメリットとして挙げられます。

一方で、法人化すると社会保険への加入が必要になり、税理士の顧問料や登記の費用などのコストも増えます。国民健康保険料の負担を減らしたいという理由だけで法人化すると、かえって負担が増えることもあります。所得の見込みと社会保険料を含めた全体の負担を試算したうえで判断しましょう。事業を広げる予定がない場合は、個人事業のまま続けたほうがよいケースもあります。

法人化と消費税の関係

法人化を検討するときは、消費税への影響も確認しておきましょう。個人事業主として消費税の課税事業者になっていても、新しく設立した法人は、資本金が1,000万円未満であれば、原則として設立から最初の2年間は基準期間がないため、納税義務の判定が改めて行われます。ただし、特定期間の売上と給与の額によっては2期目から課税事業者になることがあり、インボイスの登録をすれば設立直後から消費税の申告が必要です。また、個人事業主として登録したインボイスの登録番号は法人に引き継げないため、法人として改めて登録の申請をする必要があります。消費税だけを理由に法人化を決めるのではなく、所得税・法人税や社会保険料を含めた全体で判断しましょう。

個人事業主の消費税でよくある誤解

個人事業主の消費税については、次のような誤解がよく見られます。

• 売上が1,000万円を超えたその年から消費税がかかる → 原則として、2年前の課税売上高で判定します。
• 簡易課税はいつでも選べる → 適用を受けたい年の前の年の12月31日までに届出が必要です。
• 2割特例はこれからも使える → 2割特例は、個人事業主の場合2026年分の申告までです。2027年分と2028年分は、要件を満たせば3割特例を使えます。
• インボイスの登録をやめればすぐに免税事業者に戻れる → 登録の取消しには手続きと期限があり、基準期間の売上によっては課税事業者のままです。

消費税と確定申告のお悩みはストラーダグループへ

ストラーダグループでは、税理士法人が個人事業主の確定申告の代行から、消費税の課税事業者になるときの届出、簡易課税の有利不利の試算、法人化の検討まで幅広くサポートしています。会計ソフトの整理や帳簿の修正のご相談も承っていますので、お気軽にご相談ください。

※本記事は、2026年10月時点の法令をもとに作成しています。個別のご判断は、状況によって異なります。