インボイス登録の取りやめと免税事業者に戻る条件【税理士無料相談】

インボイス制度が始まってから、取引先からの求めに応じて適格請求書発行事業者の登録を受けたものの、「売上の規模を考えると、登録を続けるメリットが小さいのではないか」と感じる事業者の方もいます。登録事業者になると、売上の規模にかかわらず納税義務の免除を受けられず、原則として消費税の申告が必要になり、計算結果に応じた納税や事務の負担が生じるためです。

登録を取りやめて免税事業者に戻る方法はあります。ただし、取りやめるには決まった手続きと期限があり、取りやめた後に取引先との関係や、仕入税額控除の取り扱いがどう変わるかも考えておく必要があります。手続きの期限を過ぎると、希望した時期から免税事業者に戻れないこともあります。

この記事では、適格請求書発行事業者の登録を取りやめる手続きの流れ、免税事業者に戻れる条件、取りやめる前に確認したい取引先への影響、手続きの注意点を、順を追って解説します。

適格請求書発行事業者の登録を取りやめるとは

適格請求書発行事業者の登録を受けると、原則課税で仕入税額控除を受ける買い手が原則として保存する必要のある適格請求書（インボイス）を発行できるようになります。一方で、登録を受けた事業者は、売上の規模にかかわらず納税義務の免除を受けられません。原則として消費税の申告が必要ですが、納付税額が生じるかは計算結果によります。国内における課税資産の譲渡等と特定課税仕入れがなく、かつ納付税額もない場合には、申告義務がない例外もあります。

登録の取りやめは、納税地を所轄する税務署長に「適格請求書発行事業者の登録の取消しを求める旨の届出書」を提出して行います。届出書の提出時期に応じて法令で定められた日に登録の効力が失われ、その日以後に行う取引について適格請求書を発行できなくなります。

たとえば、課税期間が1月1日から12月31日までの個人事業者が翌年1月1日から登録を取りやめるには、前年12月17日までに届出書を提出します。法人も、登録を取りやめる課税期間の初日から起算して15日前の日までに提出します。課税期間を短縮している場合は、事業年度の開始日と一致しないことがあります。この15日前の日が土日祝日等でも、翌開庁日へは延長されません。

1．届出書を出さなければ登録は続く

事業廃止や税務署長による登録取消しなどの場合を除き、売上が減っただけで登録が自動的に失効することはありません。取引先が免税事業者や一般消費者中心になっても、登録が続く間は納税義務の免除を受けられず、原則として課税事業者として申告します。

2．登録の取りやめと課税事業者選択の取りやめは別

過去に「消費税課税事業者選択届出書」を提出していた場合、登録の取りやめだけでは、その選択の効力はなくなりません。免税事業者に戻るには、原則として戻ろうとする課税期間の初日の前日までに「消費税課税事業者選択不適用届出書」を別途提出します。ただし、事業廃止の場合を除き原則として2年間は課税事業者を継続し、一定の固定資産を取得した場合には、さらに選択をやめられない期間があるため、提出できる時期を確認してください。一方、登録に係る経過措置を利用して登録した場合は、登録のために課税事業者選択届出書を提出する必要はありません。過去の届出書と登録日を税理士に確認してもらうと判断しやすくなります。

免税事業者に戻るための条件

登録を取りやめても、免税事業者に戻れるとは限りません。納税義務の判定に加え、登録に係る経過措置による免税制限も確認します。この経過措置で免税事業者から登録した場合は、登録日以後2年を経過する日の属する課税期間の末日まで、登録を取りやめても免税事業者になれません。ただし、登録日の属する課税期間が2023年10月1日を含む場合は、この制限の対象外です。たとえば、暦年課税の個人事業者が2024年4月1日にこの経過措置で登録した場合、取消し後も2026年分までは免税事業者になれません。

• 基準期間の課税売上高が1,000万円以下か確認します。基準期間は、個人事業者は前々年、事業年度が1年の法人は前々事業年度です。
• 特定期間の判定で納税義務が生じないか確認します。個人事業者の特定期間は前年1月1日から6月30日、法人は原則として前事業年度開始の日以後6か月です。
• 課税事業者選択や登録経過措置による免税制限、新設法人・特定新規設立法人の特例、相続・合併・分割、高額な資産の取得などによって免税が制限されていないか確認します。
• 免税事業者に戻ろうとする課税期間の初日までに登録が失効するよう、取消届を期限内に提出し、必要な場合は課税事業者選択不適用届も提出します。

基準期間の課税売上高が1,000万円を超えている場合は、登録を取りやめても納税義務は免除されません。免税事業者には戻れず、原則として課税事業者の申告を行い、計算結果に応じて納税します。

1．基準期間の売上を確認する

まず、個人事業者は前々年、事業年度が1年の法人は前々事業年度の課税売上高が1,000万円以下か確認します。法人で基準期間が1年に満たない場合などは、課税売上高の計算方法も別途確認します。課税売上高が増えると、原則として2年後の納税義務に影響します。ただし、課税事業者になることと、インボイスの登録を受けることは別です。登録は任意であり、取りやめ後の再登録は、取引先からの要望や取引条件に応じて検討します。

2．特定期間の判定も必要

基準期間の課税売上高が1,000万円以下でも、特定期間の課税売上高が1,000万円を超えると、原則として納税義務が生じます。ただし、国外事業者以外は、課税売上高に代えて特定期間の給与等支払額で判定することもでき、その額が1,000万円以下なら、この判定による納税義務は生じません。法人では前事業年度が短い場合などに特定期間が通常と異なることもあります。売上だけでなく、判定期間と給与等支払額を確認してください。

登録を取りやめる前に確認したいこと

登録を取りやめて免税事業者に戻れる場合は、消費税の申告などの事務負担が軽くなることがあります。一方で、取りやめ後も課税事業者となる場合や、取引先との関係に影響が出る場合があります。手続きの前に、次の点を確認しておきましょう。

取引先が一般消費者の場合は、そもそも仕入税額控除を行いません。簡易課税や2割・3割特例を適用する取引先も、仕入税額控除の計算はインボイスの有無に左右されません。原則課税の場合でも、登録のない事業者からの課税仕入れには、一定の帳簿と請求書等の保存などを条件に、仕入税額相当額の一定割合を控除できる経過措置があります。控除割合は、2026年10月1日から2028年9月30日までは70％、2028年10月1日から2030年9月30日までは50％、2030年10月1日から2031年9月30日までは30％です。仕入先ごとの金額上限などの要件もあります。少額特例などにより、インボイスがなくても全額を控除できる取引もあるため、影響を一律には判断できません。

1．取引先への連絡は早めにする

取りやめの時期が決まったら、取引先には早めに連絡します。連絡が遅れると、取引先が経理処理の変更に間に合わず、トラブルになることがあります。書面やメールで通知しておくと、後から確認しやすくなります。

2．免税事業者に戻ると請求書の書き方も変わる

免税事業者に戻るかどうかにかかわらず、登録が失効した日以後に行う取引については、適格請求書を発行できません。請求書の様式から登録番号を外すなど、適格請求書と誤認されない表示に切り替えます。通常の請求書や領収書は引き続き発行できます。取引先が経過措置による控除を受けるため、区分記載請求書の記載事項を満たす書類を求めることもあるため、必要事項を確認してください。

取りやめの手続きの流れと注意点

登録の取りやめは、次の流れで進めます。

• 基準期間・特定期間の課税売上高や、登録日・過去の届出・資産取得による免税制限を確認し、免税事業者になれるかを判断します。
• 取引先への影響を確認し、必要に応じて連絡・交渉を行います。
• 登録を取りやめる課税期間の初日から起算して15日前の日までに、登録取消届出書を提出します。
• 登録の効力を失う日を確認し、その日以後に行う取引について、適格請求書と誤認されない請求書の様式に切り替えます。
• 取りやめ後も申告が必要な課税期間がないか確認し、決算と申告の流れを整理します。

1．期限を過ぎると、その次の課税期間にずれる

届出書を、提出日の属する課税期間の翌課税期間の初日から起算して15日前の日を過ぎて提出した場合は、翌課税期間ではなく、翌々課税期間の初日に登録が失効します。課税期間を短縮していない個人事業者の場合は、取消しが1年遅れます。土日祝日等でもこの期限は延長されないため、早めに準備してください。

2．取りやめた年の最後の申告は忘れずに行う

登録の効力がある課税期間は、原則として消費税の申告が必要です。登録失効後も免税制限などによって課税事業者となる期間があれば、その期間の申告も確認します。通常の暦年課税の個人事業者の申告・納付期限は原則として翌年3月31日、法人は原則として課税期間の末日の翌日から2か月以内です。期限延長の特例などがある場合は、その適用を確認してください。申告義務があるのに申告を忘れると、無申告加算税の対象になることがあります。

3．再登録する場合の注意

一度登録を取りやめた後に、改めて申請して再登録することは可能ですが、審査や通知に要する期間を見込みます。登録に係る経過措置で再登録する場合は、登録希望日から起算して15日前の日までの申請が必要です。また、登録後の免税制限が続く期間に、この経過措置で再登録した場合は、再登録日以後2年を経過する日の属する課税期間まで免税事業者になれません。取りやめと再登録を繰り返すと、免税に戻れる時期にも影響するため、手続きと将来の納税義務を確認してください。

登録を続けながら負担を軽くする選択肢

登録の取りやめだけが選択肢ではありません。消費税の負担や事務の手間を抑えながら、登録を続ける方法もあります。取りやめを決める前に、次の制度が使えないかを確認しておきましょう。

簡易課税制度では、仕入控除税額の計算に実際の仕入税額を使わないため、消費税申告の事務負担を軽くできることがあります。ただし、経費の記帳や書類の保存まで不要になるわけではありません。実際の仕入税額を基に計算した控除額が、みなし仕入率による控除額より大きい場合は、原則課税の方が納付税額を抑えられることがあります。簡易課税を選択すると、原則として2年間は継続適用が必要です。免税事業者が登録に係る経過措置で登録する際には、その課税期間中の届出で簡易課税を適用できる特例があります。また、2割・3割特例を適用した翌課税期間への移行では、その翌課税期間の確定申告期限までの届出で適用できる特例もあります。ただし、その翌課税期間が2026年9月30日以前に終了する場合の2割特例からの移行は、当該課税期間の末日までです。適用要件と届出期限を確認し、税額を試算してから決めてください。

1．取りやめと簡易課税の比較で考えること

登録を取りやめて免税事業者に戻れる場合は、国内取引に係る消費税の納税義務は免除されます。ただし、取引先が原則課税の場合には、経過措置などを考慮しても仕入税額控除できる額が減る可能性があり、取引価格の協議が必要になることがあります。簡易課税制度を選んで登録を続ける場合は、要件を満たすインボイスを交付しながら、自社の仕入控除税額の計算を簡素化できます。取引先の控除には、その取引先での帳簿やインボイスの保存なども必要です。

どちらが有利かは、売上の規模、取引先の構成、仕入や経費の割合、今後の売上の見通しによって変わります。数字を比べるときは、納める消費税額だけでなく、事務にかかる時間や、取引を失うリスクも含めて考えましょう。

2．顧問契約や会計の事務の見直しも合わせて検討する

登録の取りやめや簡易課税制度の選択に合わせて、会計事務の進め方や顧問契約の内容を見直すことも検討できます。たとえば、必要な業務量に応じて月次の訪問回数や相談方法を見直したり、決算・申告を中心とする契約について相談したりする方法が考えられます。免税になっても所得税や法人税の申告、記帳などは残るため、対応してもらえる業務の範囲と費用の内訳を、書面で確認してください。

取りやめ後の消費税の扱いと決算の注意点

登録を取りやめて免税事業者に戻った課税期間は、原則として国内取引に係る消費税の申告は不要になります。ただし、輸入時に課される消費税まで免除されるわけではありません。また、取消し前の課税期間の申告や、在庫、固定資産の扱いは別に確認する必要があります。

• 免税事業者でも、仕入れの際に負担した消費税相当額を取引価格に上乗せして請求することは可能です。ただし、適格請求書と誤認される表示はしません。
• 免税事業者になる直前の課税期間に課税仕入れ等を行い、免税になる日の前日に保有する棚卸資産は、原則としてその課税期間の仕入税額控除から除外する調整が必要です。直前の課税期間に簡易課税を適用する場合などは取扱いが異なります。固定資産については、調整対象固定資産や高額特定資産の取得に伴う免税制限などを別に確認します。
• 免税事業者になった後に、再び課税事業者になるときの判定と必要な届出を、事前に確認します。
• 会計ソフトの消費税の設定を、免税事業者としての税込経理の処理に変更します。

免税事業者は、所得税または法人税の所得金額を税込経理方式で計算します。税抜経理を使っていた場合は、免税となる課税期間から適切に処理できるよう、会計ソフトの設定を見直してください。顧問の税理士がいる場合は、登録が失効する日、免税事業者になる課税期間、決算の時期を共有し、処理の誤りを防ぎましょう。

また、免税事業者になっても、帳簿や領収書の保存の義務はなくなりません。取引の記録は、法令で定められた期間、保存します。

インボイス登録の取りやめでよくある失敗と対策

登録の取りやめでは、次のような点に注意が必要です。事前に対策を考えておきましょう。

• 届出書の提出期限を過ぎてしまいます。対策として、登録を取りやめる課税期間の初日から起算して15日前の日までの提出予定を、カレンダーに入れておきます。
• 基準期間の課税売上高が1,000万円を超えていて、免税事業者に戻れないことがあります。対策として、届出の前に納税義務の判定と免税制限の有無を確認します。
• 取引先に連絡せずに取りやめると、取引条件をめぐる問題が生じることがあります。対策として、取りやめ前に相手への影響を確認し、必要な協議を行います。一方的な値下げや取引停止を求められた場合は、公正取引委員会などの相談窓口の利用も検討します。
• 登録失効後の取引にも、従来の登録番号を記載した請求書を出し続けてしまうことがあります。対策として、失効した日以後の取引に使う請求書を、適格請求書と誤認されない様式に切り替えます。
• 課税事業者選択届出書を出していたことを忘れ、課税が続くことがあります。対策として、過去の届出書の控えを確認し、選択不適用届の提出要否と提出可能な時期を確認します。
• 課税売上高が増え、再び課税事業者となることがあります。対策として、実際の課税売上高と給与等支払額を記録し、翌期以降の基準期間・特定期間の判定を毎期確認します。

どの失敗も、事前の売上の確認と、取引先との話し合いで防ぎやすくなります。

インボイス登録のお悩みはストラーダグループへ

インボイス登録を続けるか、取りやめるかの判断は、売上の規模、取引先の種類、今後の事業計画によって変わります。取りやめの手続きを誤ると、希望した時期に免税事業者に戻れないこともあります。

ストラーダグループの税理士法人で、消費税の納税義務の判定、登録の取りやめの届出、取りやめ後の申告の進め方などのご相談を承ります。取引先への影響や今後の課税売上高の見込みを踏まえ、登録を続けた場合と取りやめた場合の負担を整理します。個別の税務相談や税務書類の作成・税務代理は、税理士法人が担当する範囲として、相談時に対応内容と費用をご確認ください。

インボイス登録を続けるかどうか迷っている方、手続きの期限が心配な方は、お気軽にご相談ください。

※本記事は、2026年10月29日時点で確認した公的情報をもとに作成しています。税制や手続きの内容は改正されることがあるため、実際の手続きの前に、国税庁などの公式情報をご確認ください。